联盟秘书处根据工作属性的不同，设定了工作组、专业委员会、行业委员会三个职能部门，其中：工作组下设（标准工作委员会、产业应用工作组、人才促进工作组、应急服务工作组、测试评估工作组）；专业委员会下设（工业互联网安全专业委员会、数据安全专业委员会、信创安全专业委员会、工控安全专业委员会、5G 应用安全专业委员会）；行业委员会下设（煤炭行业委员会、电力行业委员会）。